Οι τιμές χλωροφύλλης Α αποτελούν δείκτη ευτροφισμού λόγω μη συχνής ανανένωσης του νερού της λεκάνης και εμπλουτιισμού με νιτρικά και φωσφορικά ιόντα από λιπάσματα και απορρυπαντικά. Η λεκάνη του Αμβρακικού εμφανίζει υψηλές τιμές (κόκκινο χρώμα) , και οι περιοχές αυτές χαρακτηρίζονται ως ευτροφικές
.